Paralelo às obras, o futebol amador foi de lazer a compromisso. O atacante se tornou uma estrela da várzea local e chegou a receber propostas profissionais de clubes de Feira de Santana (BA). Ele as recusou e já revelou que ganharia ainda menos do que recebia nos torneios amadores. O destino mudou quando veio um convite para morar em São Paulo e jogar profissionalmente pela primeira vez, em 2018, pelo Osvaldo Cruz, da quarta divisão estadual.
O futebol do ponta veloz chamou a atenção de clubes maiores e, assim, ele passou por Ituano e Ponte Preta até ser emprestado para o Fortaleza, em 2019. Foi a estreia de Júnior Santos na elite do futebol nacional. Durou pouco, já que o Kashiwa Reysol o levou para disputar a segunda divisão japonesa no meio do ano.
Em seguida, um empréstimo ao Yokohama Marinos, da elite do país, fez com que o atacante tivesse a temporada mais artilheira até então da carreira. Foram 13 gols em 23 jogos entre 2020 e 2021.
O último clube no Japão foi o Hiroshima Sanfrecce. Ele chegou por lá no começo de 2022, mas logo foi emprestado ao Botafogo. No clube carioca, foi peça importante na equipe montada pelo português Luís Castro. Sanfrecce e Botafogo não chegaram a um alinhamento de acordo, o que faria com que ele voltasse ao Japão.
Neste momento, o Fortaleza clube onde teve a primeira oportunidade na Série A do Campeonato Brasileiro, contratou o jogador. Contudo, ele teve poucas chances no time comandado por Juan Pablo Vojvoda, jogando somente oito partidas em três meses.
De volta ao mercado, Botafogo e Palmeiras tiveram interesse no jogador. A sondagem palmeirense não avançou, e Júnior Santos confirmou o retorno ao clube carioca. John Textor, dono da SAF do Botafogo, provocou o Palmeiras na época. O atacante esteve em 37 dos 38 jogos do Botafogo no Campeonato Brasileiro, inclusive na derrocada que fez o Palmeiras assumir a liderança e conquistar o 12º título do Brasileirão.
